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Seu nome deve-se a uma lenda sobre o suposto encontro no final do século XVIII de uma estátua de São Tomé em uma gruta por João Antão, um escravo fugido de João Francisco Junqueira, juntamente com uma carta de escrita perfeita (impossível a um escravo analfabeto). Outra versão da lenda diz que a carta teria sido entregue na gruta a João Antão por um senhor de vestes brancas. Apresentando a carta ao seu antigo dono, como ordenado pelo senhor de vestes brancas, João Antão teria conseguido sua alforria, pois João Francisco Junqueira teria ficado bastante impressionado pelo relato do escravo e teria mesmo ordenado a construção de uma igreja ao lado da referida gruta, que hoje se encontra no que é o Centro de São Tomé das Letras. Acredita-se que o filho de João Francisco Junqueira, Gabriel Francisco Junqueira, esteja sepultado debaixo do altar da igreja, a atual Igreja Matriz. Já o "das Letras" do topônimo refere-se às inscrições rupestres que ainda podem ser vistas na gruta onde teria sido encontrada a estátua de são Tomé